孫中山在臨時大總統任內函覆中華佛教總會申請立案的報告中，沒有簡單地把佛教視爲迷信活動，而是本着信教自由和政教分離的原則，同意它的“揭宏通佛教，提振戒乘，融攝世間、出世間一切善法，甄擇進行，以求世界永久和平和衆生完全之幸福”的立會宗旨，肯定它“闡微索隱，補弊救偏，既暢宗風，亦裨世道”在中國社會和學術研究中的作用。同時，又指出“近世各國政教之分甚嚴，在教徒苦心修持，絕不干預政治，而國家盡力保護，不稍吝惜。此種美風，最可效法”，以啓導中國佛教徒認清守戒清修的正確道路。孫中山還將中華佛教總會申請立案的報告發交教育部存案，使它在法律上取得“社團法人”的地位。這些有關佛教問題的批示和處置，體現了孫中山先生對佛教與中國社會關係問題的精闢見解和對佛教徒的親切關懷。
孫中山對佛教與中國社會關係的精闢見解，和對佛教徒的親切關懷，博得廣大佛教徒的尊敬和愛戴，故當孫中山解除臨時大總統職務，南下廣州的時候，廣東的佛教徒即推廣東佛教總會(後改爲中華佛教總會廣東分會)會長鐵禪領頭，於1912年5月在廣州六榕寺召開歡迎孫中山大會。孫中山攜同家屬和廣東軍政府大都督胡漢民等出席歡迎大會，並給廣東佛教徒題贈了“平等、自由、博愛”六個大字，以勉勵他們遵守“臨時約法”(孫中山在臨時大總統任內，於1912年3月11日公佈的、屬於臨時憲法性質的法律)上有關宗教信仰的規定，進行正當的宗教活動。
孫中山還乘參加歡迎會之便，登上六榕寺的九級浮屠——花塔遊覽。他看到花塔從第二級起，每級都懸掛着四字的匾額一方。它們從第二級起，自下而上依次爲“二儀高下”、“三光並耀”、“四表光被”，“五嶽推尊”、“六合遙觀”、“七星凌漢”、“八埏在望”、“九垓一覽”。匾額對歷史、藝術建築來說，有着畫龍點睛的妙用，而這八方匾額既恰到好處地表達出這座高聳入雲的花塔各個層級的特色，又概括地體現了它那穿雲插天、九垓一覽的高昂氣勢，是不可多得的文藝傑作。把當年孫中山見過的這些匾額恢復過來，定能使這座中外馳名的佛教藝術建築——花塔更加生色。