爲適應財稅體制改革的需要，我國於1994年建立了以“分稅制”爲基礎的中央轉移支付制度，這項制度實施以來對推動我國財稅體制改革、加強中央宏觀調控、實現社會公共服務均等化、促進國民經濟穩步發展及地區之間相對均衡發展等方面發揮了積極的作用。
由於該項制度是建立在計劃經濟向市場經濟過渡的初期，不可避免地帶有濃郁的計劃經濟色彩：從制度設計看，原分配格局不變，構建“分稅制”的機制框架，迴避了體制中存在的一些深層次矛盾和問題，尤其是在各級政府事權未理順的情況下，造成各級政府之間的財權與其承擔的支出責任不相匹配；從資金使用效果上分析，佔比重過大的專項轉移支付已逐步演變爲一種解決熱點、難點問題的應急機制。這些情況的長期存在不僅背離了財政體制應遵循的分級管理原則，而且在一定程度上弱化了實現公共服務均等化的政策功能。
一、關注管理體制方面
中央轉移支付管理體制不完善，改革措施不配套，關係未完全理順，一定程度上弱化了轉移支付的政策功能，尤其是在我國五級政權結構下，如果中央財政統的過細、管的過死，必然造成決策的盲目性。
1、關注決策機制
現行中央轉移支付的項目決策具有明顯的直接性，即項目決策採用“一竿子插到底”的決策辦法，大小專項均有中央部門決策，項目申報採取了自下而上的逐級申報程序。首先由具體項目實施單位提出申請，經各級政府主管部門層層審覈後，最終由國務院主管部門批准實施。這種決策機制，單從形式上看較爲合理，但在實際執行中卻存在計劃與實際脫節的現象。
審計發現，某市20xx年取得中央水土保持項目8個，涉及中央資金5731萬元，因計劃與實際脫節，有的項目遲遲不能開工，造成工期嚴重拖延；有的建成後達不到設計要求，長期閒置形成浪費。如某旗風沙治理移民工程，中央投資1086萬元，羣衆投勞折資1012萬元，計劃遷入移民472戶、遷入人口2200人，實際遷入193戶，遷人口901人，入住比例僅爲41%，難以實現改變局部草原生態環境的政策目標。
2、關注專款設置交叉重複
目前參與中央專項轉移支付資金分配的部委達近40家，在資金分配和項目設置方面，各部委之間，部委內部之間職能交叉，項目內容交叉問題較爲突出。去年在對某區審計時發現，中央補助該區專款中，有43項目專款之間交叉重複，涉及資金88352億元。由於部門之間職能交叉與資金分配政策不統一，信息不溝通，掌握分配資金分配權的各部門在項目選擇與資金投向方面難以做到統一，降低了了資金使用效率。
3、關注資金零散分配
20xx年，中央專項轉移支付資金具體分配到某自治區9709個項目，金額逾74億元，佔專項資金總額的46%。其中10萬元以下的項目有5886個，佔總項目的60.62 %。中央資金1.5億元，平均每個項目2.58萬元；從中央專項轉移支付資金投入項目的資金構成看，中央專項轉移支付資金所佔比重較小。當年中央累計補助該自治區基建資金159億元，佔項目總投資的34.8%。資金分配過於零散，不利於發揮中央轉移支付的整體功能。這種現象的存在既有管理體制方面的原因，也有相關部門片面追求“放大”中央投資的政策效果的原因。
4、關注資金撥付滯後
資金撥付，是中央轉移支付資金分配管理的重要環節，也是資金能否及時投入到項目建設的關鍵因素，它直接關係到中央轉移支付資金的最終效果。審計調查發現，由於財政、計劃管理體制等方面的原因，造成中央轉移支付資金大量結轉，影響了資金使用效果。據審計覈實，20xx年末，某市帳面結轉上級轉移支付資金106023萬元，佔該市當年轉移支付資金的39.34%。主要有四種情況：一是國家投資計劃下發及轉發滯後；二是財政部門指標文件下發及轉發滯後；三是項目單位前期準備工作不充分，資金到位後不具體開工條件；四是項目設計變更，造成資金閒置浪費。比較典型的是抗旱救災資金滯後問題較爲嚴重。某市20xx年4月份發生旱災，10份下達資金計劃，12月份資金到位，此時災情早已解除。
二、關注政策方面
中央專項補助政策，是爲解決某些特定的經濟問題而制定的政策。審計調查發現，一些政策本身就存在脫離實際的缺陷。
1、關注中央資金投向非高新技術企業
審計調查發現，連續兩年（20xx年、20xx年），中央資金直接投向7個非高新技術企業（多數爲私有企業），資金高達4173萬元。這種將中央資金無償投向非高新技術企業的做法，明顯偏離了轉移支付的政策目標，客觀上給同類型企業公平競爭設置了政策障礙。
2、關注以工代賑
以工代賑項目的政策目標是，鼓勵農民參加特定的工程
建設項目，以取得勞動報酬的方式解決貧困農民的收入問題。但隨着國家對工程建設質量要求的提高，該項目基本上採取了專業施工隊伍，分散的農民由於缺乏最基本的專業技能，無法適應工程建設質量要求，以工代賑的政策意圖很難實現。
經對某市10多個以工代賑項目抽查發現，一些以工代賑項目技術含量高、作業專業性強，加之施工時間緊，需要動用大型機械設備等，並不適應農民施工，以工代勞無法通過農民實施。因此現階段的以工代勞轉移支付已失去政策的扶持目標。
3、關注培訓政策
中央設立農村勞動力轉移培訓的本意是：通過技術培訓，提高農民的基本技能素質，提高就業能力，促進農村勞動力合理有序的流動。但由於受地方培訓條件的制約，培訓無法滿足農民就業的要求，導致培訓工作在一些地方流於形式。突出表現爲專業設置不合理，如計算機、醫學、汽車維修等專業性較強的專業，培訓時間短，培訓內容多，受訓人員經過培訓無法達到就業的目的，加之培訓費用高，農民負擔較重，參加培訓人員積極性不高，培訓學員半途而廢的情況較爲普遍，導致培訓政策目標難以實現。
4、關注政策逆向調節
近年來，國家爲保護生態環境，推行了大規模的退耕還林、退牧還草政策，促進了生態環境的顯著改善。爲增加農（牧）民的收入，國家對退耕還林及退牧還草的農（牧）戶直接進行了財政補貼，其中退牧還草補貼期限爲2年，退耕還補貼期限爲5至8年。
從20xx年開始，由於免徵農業稅及糧食直補政策，加之退耕還草政策的到期，種糧比種草收入相對增加，一些地方出現了毀草復耕現象。據對某旗某村的審計調查發現，退耕還草收入每畝爲4100元，種糧收入爲4610元，二者相比種糧收入高於退耕還草收入500元。農民爲追求收入的最大化，採取了毀草復耕現象。
三、關注項目管理方面
審計調查情況表明，中央轉移支付中存在的問題，不僅僅侷限於管理體制與政策方面，項目管理上存在的諸多問題尤其突出。
1、關注決策失誤、損失浪費
項目決策是中央轉移支付項目建設的重要環節，因決策失誤造成損失浪費的情況在中央轉移支付項目中較爲突出。例如，審計發現某市所屬四個旗區退牧還草工程，在完全禁牧的情況下，仍投資8600萬元用於草原圍欄建設，造成無效投資，而禁牧急需解決的飼料基地建設因缺乏資金無法實施；再如，某高速公路在建設過程中與後來立項的高爾夫球場在用地方面發生衝突，由於當地政府的決策失誤，高速公路被迫爲高爾夫球場“讓道”，造成直接經濟損失4860萬元，其中已施工路段報廢損失1167萬元，繞道增加投資2862萬元，賠償施工單位停工損失831萬元，間接失誤難以估計。
1、關注政績工程、形象工程
一些地方政府爲片面追求政績，脫離實際搞形象工程或政績工程，主要表現爲農村安全引水不安全、污水處理不達標、項目建設過度超前等。如，因提前一年“建成”投入運營而受到有關部門通報表揚的某污水處理廠，由於配套資金不到位，建設規模嚴重縮水，配套設施不完善，設計範圍內的生活污水約三分之二直接排放水庫，造成水庫水質污染。已投入運營的設備，排放污水不達標，設備“空轉”形成二次污染。再如，國家投資近30億元建設的某大型機場，由於建設規模過度超前，建成運營後，旅客量及貨運量僅達到設計規模的三分之一左右，大量生產與生活設施閒置，營運五年累計虧損11億元。
2、關注管理混亂，騙取中央補助
審計調查發現，由於計劃、財政部門把關不嚴等因素，給一些單位虛假申報中央資金提供了便利，如某縣經濟開發中心，虛假申報處置積壓普通住宅中央專項資金1004萬元。審計結果表明，該中心申報的兩個小區住宅出售均系虛構項目，目的是爲了騙取中央專項補助。
3、關注挪用資金
審計發現,挪用中央補助資金的情況仍較普遍。20xx年,審計部門抽審某市四個縣發現,共挪用中央資金達10487萬元。其中,d縣挪用3785萬元，佔當年專項補助的23.79%；h縣挪用資金2977萬元，佔當年專項補助的30.6%。大量挪用資金用於其它項目支出，不僅嚴重違反了財政紀律，而且也直接影響了中央補助項目的建設進度與質量。
4、關注配套資金
審計調查發現，地方配套資金不落實的情況較爲普遍，從而嚴重影響了整體項目建設及整體效益的發揮。在對37個污水處理項目審計發現，由於配套資金不落實、前期準備不充分等原因，有15個項目未按計劃完工或按要求開工；在16個完工項目中，近一半達不到設計要求。同時還發現，普遍存在的配套設施建設滯後於主體工程建設的問題，造成設備閒置，項目不能發揮效益的問題。
綜上所述，中央轉移支付審計應堅持從我國轉移支付制度運行的實際出發，認真落實全面審計，突出重點、注重實效的原則，重點關注體制、機制、政策及管理等方面存在的問題，注意將審計中發現的問題上升到宏觀管理高度進行綜合分析，揭示經濟運行中的共性或傾向性問題，爲國家有關部門決策時提供參考，促進建立科學與規範的中央轉移支付制度。